Rozpadom Veľkomoravskej ríše na prelome 9. a 10. storočia sa severné Ponitrie ocitlo na okraji územia patriaceho do sféry staromaďarského kmeňového zväzu – Uhrov. Z juhu postupujúce oddiely sa zastavili pred regiónom hornej Nitry. Práve horná Nitra spolu s Bojnicami tvorila spolu s ďalšími susednými oblasťami rodový majetok Poznanovcov (neskôr Hont-Poznanovcov), ktorí podobne ako iní miestni veľmoži vstúpili do služieb staromaďarských náčelníkov.
Už najstaršia písomná zmienka z roku 1113 v listine uhorského kráľa Kolomana pre Zoborské opátstvo spomína Bojnice ako podhradie. Chotárnu medzu opátskeho majetku neskorších Opatoviec nad Nitrou a Bojníc opisuje latinsky slovami:
„de suburbanis Baimoz est terminus fervidus fons et postea est terminus lapis“
čo v preklade znamená: „od bojnických podhradčanov je medzníkom horúci prameň a potom je medzníkom kameň“.
Listina Zoborského opátstva z roku 1113 - prvá nepriama písomná zmienka o hrade v Bojniciach (foto: Martin Hlauka).
K vzniku komplexného fortifikačného systému v murovanej podobe došlo na bojnickej travertínovej kope najskôr až v druhej polovici 13. storočia, v súvislosti so zmenou politiky uhorského panovníka Bela IV. po pustošivom mongolskom vpáde v rokoch 1241 – 1242. V tomto období začala významná epocha výstavby hradov či menších fortifikácií veľmožmi na území celého Horného Uhorska. Existencia Bojnického hradu je písomne priamo doložená v roku 1299. O tri roky neskôr sa už hrad jasne spomína ako fungujúce zemepanské sídlo a centrum panstva.
Až do konca 13. storočia Bojnický hrad patril významnému veľmožskému rodu Hont-Poznanovcov, ktorého príslušníci vlastnili majetky najmä v Hontianskej a Nitrianskej župe. Rozpínavosť Matúša Čáka Trenčianskeho ich však o hrad v roku 1297 pripravila. Už aj tak mocného stredovekého „oligarchu“ posilnila v jeho trúfalosti nečakaná smrť uhorského kráľa Ondreja III. v roku 1301. Traduje sa, že pri tejto príležitosti Matúš Čák nechal zasadiť lipu pred vchodom do Bojnického hradu. „Lipa kráľa Mateja“ ako nemý svedok tam rastie dodnes.
V chaose po smrti uhorského panovníka nemal kto Matúšovi Čákovi skrížiť cestu pri jeho vzostupe. Tak postupne ovládol územie 14 žúp a 60 hradných panstiev. Za jeho ambíciami dala definitívnu bodku až jeho smrť v roku 1321. Zomrel bez mužského potomka vo svojom sídle na Trenčianskom hrade. Následne zabral Bojnický hrad spolu s ostatnými Matúšovými hradmi uhorský panovník Karol Róbert.